外流式（高壓滅菌器水平式）是使凈化后的空氣面向操作者流動,因而外方氣流不致混入操作區,但如進行有害物質實驗操作則對操作者CO2細胞培養箱不利.水平式凈化工作臺工作多為開放時,沒有防護擋板,雖然操作和拿取物品較為方便,但可能受外界氣流的影響而引起不接空氣混入。
   
    凈化工作臺垂直流凈化工作臺是較為精密的儀器,如果使用和維護得當,可以取得良好的效果并可延長使用壽命。

    超凈工作臺主要是用過濾器來凈化空氣的，其過濾器是用一定的使用壽命的，需要定期更換。如果本身工作臺處于較干凈的環境中，如GMP車間內，那更換頻率較低；如果只是普通實驗室，應2年換一次過濾器，以保證其效果。

   基本原理大致相同,都是將室內空氣經粗過濾器初濾,由離心風機壓入靜壓箱,再經過空氣過濾器精濾,由此送出的潔凈氣流從高壓滅菌器一定的均勻的斷面風速通過無菌區,從而形成無塵無菌的高潔凈度工作環境.但兩種凈化臺的氣流方向不同,側流式工作臺空氣凈化后的氣流從左或右側通垂直流凈化工作臺過工作臺面流向對側,也有從上向下或從下鄉上流向對側,都能形成氣流屏障保持工作區無菌.但在凈化氣流和外邊氣體交界處可因氣流的流動出現負壓,使少許未凈化空氣混入,有發生污染的可能.測流式凈化臺結構較為封閉,一般僅留兩個手臂伸入的圓洞,操作和拿取較大物品不夠方便CO2細胞培養箱。